Habiendo terminado la insurrección tepehuana quedó libre el camino para que los frailes volviesen a fundar sus misiones. Sobre las ruinas humeantes se levantaron nuevos templos.
El 29 de enero de 1620, llegaron a la Villa de Durango los primeros religiosos jesuitas, que después de la insurrección tepehuana, construyeron nuevas misiones en los lugares donde anteriormente se habían establecido.
Sacerdotes franciscanos, edificaron en un pequeño llano próximo a La Sauceda, una Misión a la que llamaron San Diego de Canatlán.
Fijándose el año de 1620, como el de la fundación de dicha misión, porque fue cuando entraron los frailes a la región tepehuana y el hecho de llamarla de San Diego, fue porque se fundó el 13 de noviembre, nombre del santo que correspondía a la fecha y le agregaron el de Canatlán, vocablo mexicano, que significa "€œnido de tierra junto al agua o nido de tierra y agua"€.
El documento más antiguo encontrado que habla de Canatlán, fue expedido el 3 de enero de 1623, y es una certificación hecha por Fray Diego de Espinoza, presidente del Convento de San Diego de Canatlán. La misión de San Diego de Canatlán, quedó establecida, según los documentos que se han tenido a la vista, en el mismo lugar donde se encuentra el actual templo parroquial. La descripción más antigua que se ha encontrado sobre está iglesia, data del año de 1755 y en ella se habla de una iglesia reciente.
Como Canatlán se encuentra en las estribaciones de un valle, por largos años y desde antes de que el pueblo fuera fundado, se llamó a dicho valle, "€œValle de La Sauceda"€.
Fray Diego de Espinoza, franciscano de la Orden de San Diego de Alcalá, al frente de seis frailes españoles de California La Alta y apoyados por 30 familias mestizas, fundan el día 13 de noviembre 1623, la "€œMisión de San Diego de Canatlán"€ en el lugar que ocupa el templo católico de la localidad; fundando también una cuadrilla de habitaciones fuera de la parcela conventual de la misión al sur y en forma de cruz, que serviría de alojamiento a los mestizos y sus familias y tomaría el nombre de la población Acaxee ubicada al otro lado del cerro.
La fundación de las casas que formaban la cuadrilla, se hizo en forma de cruz, con lugar para la plaza real, pero los nativos dieron por llamarle "€œCallejón de los 30 viejos"€, nombre que ha prevalecido hasta la actualidad, solo con la variante de "€œBarrio de los 30 viejos"€, porque al crecer abarcó otros tres callejones y parte de la avenida El Presidio en esta ciudad.
Dada la aceptación y fácil despliegue de comunicaciones, la Misión de San Diego de Alcalá, pronto tuvo más auge y aceptación que los poblados y misiones cercanas, llegándose a convertir en el centro obligado del comercio, la posta y la autoridad, siendo abreviado su nombre; y quedó conocida sólo por "Canatlán", la Misión se redujo al convento y templo en lo que fuera la parcela se agregaron fincas para casas habitación y locales para el comercio general.
Al efectuarse los estudios para la Real División del Territorio de la Provincia de la Nueva Vizcaya, la población de Canatlán quedó registrada con la categoría de Cabecera Real perteneciente al Primer Cuartel de la Villa de Durango y con la jurisdicción sobre las misiones y rancherías cercanas, para impartir el conocimiento de la autoridad de la corona de España, la Doctrina Cristiana del Sumo Pontífice Romano, concordar discordias de índole menor entre los mestizos y los indígenas, pero sin tener fuero alguno sobre la población española, para quien sólo era competente la Autoridad Real de la Villa de Durango el Gobernador General de la Nueva Vizcaya.
Al promulgarse la Constitución de 1917, el día 5 de febrero, Canatlán asciende a cabecera del ahora municipio que lleva su nombre, categoría que conserva hasta la actualidad, tomando posesión en esa fecha, el primer Presidente Municipal Constitucional, señor Don Luis Oloño Rodríguez, comenzando con esto el desenvolvimiento libre de sus gentes, el respeto a su propiedad privada, el afán de hermoseamiento de la población, la afluencia y explotación del comercio y el verdadero uso del medio de transporte, ferrocarriles, camiones y automóviles, el conocimiento de muchas gentes a la capital del estado y de otras capitales del País, pero Canatlán acusaba lentitud en su progreso y vivía en calma y tranquilidad de cualquier pueblo de la provincia mexicana.
Fue hasta el año de 1959, cuando sufre otra transformación su nombre: La H. Legislatura del Estado de Durango, aprueba el Decreto número 353, el día 30 del mes de mayo, que se aprobó el día 8 de octubre del mismo año, denominándosele "€œCanatlán de las Manzanas"€ a su cabecera municipal. Este nombre causa confusión con los nombres de otras poblaciones y lugares de la República y el Decreto tuvo que ser derogado y devolverle a Canatlán su antiguo nombre.
Su desenvolvimiento político y social, así como el aumento de su población, convirtió a Canatlán a la categoría de Ciudad Canatlán, al llenar los requisitos de saneamiento, medios de comunicación, economía, etc. y por decreto número 127 de la Legislatura del Estado de Durango, leído en Bando Solemne en su Explanada Cívica del Jardín Juárez el día 7 de noviembre del año de 1972, teniendo a su cargo la ceremonia, el ciudadano Doctor Don Salvador Gámiz Fernández, Gobernador Interino del estado, y en presencia de las Autoridades Municipales, algunos militares comisionados, los representantes de los clubes sociales o de servicio, los sindicatos, el comercio y público en general.
